1. NEIS 시스템의 프라이버시 침해 문제
● 생활기록부/건강기록부를 중심으로, 학생들의 시험 결과 및 각종 성적 자료, 특수학급 편성 관련 자료, 자치활동/수행평가 자료 등 다양한 자료들이 입력대상으로 되어 있음.
● 필수입력정보가 아니더라도 수집 대상이 될 가능성이 매우 높음.
● 교원 인사 관련 정보들이 집적되어 있음.
● 대규모 정보의 데이터베이스화 자체가 문제임.

2. NEIS 시스템의 위법적 성격
● 정보 수집을 위해서는 정보 주체의 동의 / 법률적 근거가 있어야 함.
● 공공기관에서 수집하는 정보는 업무 수행에 필요한 범위에 국한되어야 함
● 공공기관이 보유한 정보를 타 기관에 이전할 때에는 정보주체의 동의/법률적 근거가 있어야 함.

3. 추진 방식의 비민주성
● 교육부의 독단적 행정이 사태를 악화시켜왔다.
● 새로운 시스템 도입에 대한 동의는커녕 홍보활동조차 없었다.
● 많은 교사·학생·학부모들이 반대함에도 무시되고 있다.

4. NEIS 시스템의 반교육적 성격
● 면대면 상담의 중요성을 간과하고 있다.
● 통계 처리가 용이해짐으로써, 교육의 획일화가 우려된다.
● 학교의 운영과 관련된 세세한 사항까지 입력하는 것은 교육 자치 이념에 위배된다.
● 교사의 업무 처리 시간이 늘어남으로써 학생 지도에 손실이 발생한다.

5. 네이스 사업 진행 과정에 대한 의혹
● NEIS 도입 결정까지의 대략적인 경과
● 외압설에 대한 보도(세계일보 2003.3.7, 디지털타임즈 2003.3.10)
● 업체와의 유착 의혹설

요구사항
1. NEIS 시스템 가동 중단
2. 현재 불법 이관된 개인정보들의 폐기 혹은 봉인
3. 교육정보화 위원회 구성
4. 교사 직무연수 및 학생 교육 때, 프라이버시 교육 실시하기 위한 계획 마련

보론 : 교육부가 주장하는 NEIS 시스템 도입의 배경 및 필요성에 대한 입장
1. '교육정보화 효과의 극대화' 설명에 대하여
2. '선생님들의 정보화 역량 제고' 설명에 대하여
3. 'C/S 시스템 유지·관리상의 문제점' 설명에 대하여
4. '업무 연계 및 정보 미공유로 인한 교육행정업무 경감 불가' 설명에 대하여
5. 'C/S 추가 보급 및 유지보수 비용 과다' 설명에 대하여
6. '정보통합관리는 정보화시대의 대세' 설명에 대하여